Hjarbæk Fjord er en gren af Limfjorden, det er en lavvandet fjord, men med en stor vandgennemstømning, idet fire åer løber ud i fjorden. Fra syd kommer Fiskbæk Å, fra sydvest Jordbro Å, fra øst løber Skals Å og Simested Å ud i Hjarbæk Fjord. Fjordens vandareal er på 24 km², som udgør 1,7 % af Limfjordens samlede areal. Samtidig udgør vandgennemstrømningen 16 % af den samlede vandtilførsel i Limfjorden. Hjarbæk Fjord er en del af Natura 2000-område nr. 30 Lovns Bredning, Hjarbæk Fjord og Skals Ådal og er både fuglebeskyttelsesområde og EU-habitatområde. Ved den nordlige ende af fjorden ligger Ørslevkloster Sø, hvorfra der er et lille udløb til fjorden.

I 1963, efter mange diskussioner, blev arbejdet på dæmningen over Virksund påbegyndt. Det viste sig at dæmningen bevirkede et betragteligt fald i fjordens saltindhold, der medførte en betydelig fiskedød. Desuden blev fjorden udsat for tiltagende forurening pga. de store mængder af kvælstof og fosfor der blev tilført af åerne fra oplandet. I 1970’erne blev Hjarbæk Fjord erklæret for ”død”. Først i 1991 fik portene i slusen gennem dæmningen udvidet åbningstid, for at sikre en bedre udskiftning af vandet i fjorden. Vandkvaliteten er sidenhen langsomt forbedret, men den har endnu ikke nået det ønskede niveau.

Hjarbæk Fjord, blev den 1.2.1967 udpeget til Vildtreservat. I Hjarbæk Fjord er jagt, motorsejlads med mere end 8 knob og brætsejlads ikke tilladt. De samme regler gælder i Ørslevkloster Sø.

Landet omkring fjorden er præget af et meget kuperet landskab, der blev dannet under den seneste istid.

Områder med rørskove er begrænset, og de findes primært omkring å-udløbene, særligt Simested Å og Skals Å. Der er store engområder i de tilstødende ådale (særligt Simested og Skals Å) samt ved Lynderup gård og i mindre udstrækning ved Strandet.